Bis 1916 hatte die Wagner’sche Universitätsbuchhandlung einen eigenen Buchverlag, den Universitätsverlag Wagner. Es ist der älteste noch bestehende deutschsprachige Buchverlag der Welt. Die Wirren des 1. Weltkriegs zwischen 1914 und 1918 haben es wirtschaftlich notwendig gemacht, die Druckerei, aber auch den Verlag zu verkaufen.

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Mit der Übernahme der Wagner’schen Buchhandlung im Jahr 2015 durch Markus Renk und Markus Hatzer wurde die Wagner’sche Buchhandlung wieder inhabergeführt. Beiden war es von Beginn an ein großes Anliegen, die Tradition des hauseigenen Verlags wieder aufleben zu lassen, vor allem Bücher mit einem regionalen Schwerpunkt zu veröffentlichen. Sie begannen zunächst damit, den Kalender „Innsbruck, wie es früher war“ mit begleitenden Texten von Lukas Morscher aufzulegen. Dieser Kalender ist sehr beliebt und aus vielen Innsbrucker Haushalten nicht mehr wegzudenken. Bereits im April 2017 erschien schließlich der erste Band der Reihe „Erinnerungen an Innsbruck“ von Josef Wallinger, der von seiner Kindheit in Pradl erzählt. Seither sind zahlreiche Bände in dieser Reihe erschienen, darunter ein Band von Kabarettist Markus Koschuh über das Olympische Dorf oder „Ich war ein Reichenauer Rattler“ von Gernot Zimmermann. Dieser Reihe versammelt nicht nur persönliche Erinnerungen, sondern erzählt auch ein Stück Stadtgeschichte.

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Ein besonderes Highlight im Verlag ist das von Bettina Egger gestaltete „Innsbruck-Wimmelbuch“, das nicht nur Kinder, sondern auch Erwachsene zum Staunen bringt. Seither her erscheinen jedes Jahr Wimmelbücher, u.a. das Tirol-Wimmelbuch.

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Seit April 2020 verstärkt außerdem Gerlinde Tamerl das Team des Verlags. Die promovierte Kunsthistorikerin realisierte gemeinsam mit Grafikerin Ines Graus und zahlreichen Expertin:innen das „Innsbruck-Spiel“ und konzentriert sich auch weiterhin auf die Entwicklung von neuen Büchern, Spielen, Souvenirs und Puzzles.